In comuna Istria, situata la cativa kilometri de cetate, este localizata o veche Biserica Ingropata, care poarta hramul Sfanta Treime si Sfantul Nicolae, reprezentand o imbinare intre stilurile crestin si oriental. Asezarea a fost populata de greci, romani, turci, precum si de bulgari inca din cele mai vechi timpuri.

Astfel, in anul 1857, locuitorii bulgari din satul Istria au primit aprobarea pasei pentru a construi o biserica de rit ortodox. Lacasul de cult a putut fi construit doar respectand anumite reguli impuse de turci si anume: biserica nu trebuia sa fie mai inalta decat geamia din sat, nu avea voie sa contina turle sau sa fie pictata, nici forma exterioara nu trebuia sa indice ca acolo exista un lacas de cult. Asadar, biserica este scufundata aproape un metru in pamant, pentru a se deosebi de geamii, biserica nu are turle – e fara glas si sta sprijinita pe contraforti grosi ca de cetate. Piatra necesara constructiei a fost adusa din cetatea antica Histria, inca dinainte ca aceasta sa fie descoperita (Cetatea Histria a fost descoperita abia in anul 1914 de catre istoricul Vasile Parvan). De asemenea, bisericuta nu este pictata nici in exterior, nici pe peretii din interior.

Turcii au incercat cu tot dinadinsul sa ascunda faptul ca satul era populat si de crestini. In lipsa turlei, au fost introduse 52 de ulcioare ca sa dea rezonanta cantarilor bisericesti. Constructia nu are forma clasica de nava, ci este in forma de cruce, cu fata in stil oriental si a fost sfintita in anii 1862 – 1864, in timpul pasei Megit de catre episcopul grec Dionisie del Calpatos, care locuia in Tulcea.

Asadar, Biserica Ingropată din Istria este unica in România prin construcţia sa, fiind inclusa in lista monumentelor istorice a Ministerului Culturii si Patrimoniului National